大家好，欢迎观看《时空日报》第25期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计11篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、克隆扩增的CD38hi细胞毒性CD8T细胞定义了检查点抑制剂相关性关节炎中的T细胞浸润
(相关资料图)
Clonally expanded CD38hi cytotoxic CD8T cells define the T cell infiltrate in checkpoint inhibitor-associated arthritis
Science Immunology; IF: ; DOI:
内容概要：通过scRNA-seq和抗原受体库分析，比较由免疫检查点抑制剂（Immune checkpoint inhibitor，ICI）治疗引起的炎症性关节炎（ICI-arthritis）患者与两种典型的自身免疫性关节炎（类风湿关节炎、银屑病关节炎）患者的T细胞，发现ICI治疗直接靶向ICI-arthritis患者的CD8T细胞，并诱导一种与典型自发性自身免疫性关节炎不同的自身免疫病理。
2、人和小鼠肺单细胞参考构建的指导
Guided construction of single cell reference for human and mouse lung
Nature Communications; IF: ; DOI: /s41467-023-40173-5
内容概要：介绍了一种利用LungMAP CellCards作为字典，整合104个人类肺和17个小鼠肺单细胞转录组数据集构建LungMAP单细胞参考（CellRef）的计算流程。该参考定义了48种人类和40种小鼠肺细胞类型，并证明了其准确性和稳定性。此外，该研究还开发了用户友好的网络界面，方便用户访问和利用LungMAP CellRefs。
3、scRNA-seq分析中障碍和零膨胀模型的全面评估
A comprehensive assessment of hurdle and zero-inflated models for single cell RNA-sequencing analysis
Briefings in Bioinformatics; IF: ; DOI: /bib/bbad272
内容概要：介绍了一种基于Python和TensorFlow深度学习框架的零膨胀负二项分布模型（zero-inflated negative binomial ，ZINB）求解器TensorZINB，其具有准确、高效、可扩展的特点，适用于scRNA-seq数据的处理和差异表达基因分析。
4、NLRRC: 联合非负LRR和随机游走图正则化NMF的识别单细胞类型的新型聚类方法
NLRRC: a novel clustering method of jointing non-negative LRR and random walk graph regularized NMF for single-cell type identification
IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics; IF: ; DOI: .3299748
内容概要：提出了一种新的矩阵分解方法NLRRC（/Marie888666/NLRRC），其在单细胞类型识别方面具有显著优势。该方法通过非负LRR找到单细胞样本的最低秩表示，以降低高维样本分析的难度并捕获样本的全局信息。同时，通过使用随机游走图正则化和NMF，RWNMFC捕获流形结构和聚类信息，生成聚类分配矩阵。
5、eQTL和GWAS的整合分析揭示拟南芥天然离子组变异的遗传调控
Integration of eQTL and GWAS analysis uncovers a genetic regulation of natural ionomic variation in Arabidopsis
Plant Cell Reports；IF: ; DOI: /s00299-023-03042-5
内容概要：利用scRNA-seq数据估计728个组织样本的细胞类型丰度，并进行了cis-eQTL映射，识别了拟南芥中细胞类型相互作用的表达数量性状位点（expression quantitative trait loci，cis-eQTLs(ci)）。同时，进行了999个接种体的全基因组关联研究分析，确定了拟南芥叶片离子组变异的遗传基础，并为进一步研究控制拟南芥离子组遗传变异的分子机制奠定了基础。
6、轴型脊柱关节炎中精准医学的新概念
Emerging concepts in precision medicine in axial spondyloarthritis
Current Rheumatology Reports; IF: ; DOI: /s11926-023-01113-w
内容概要：该综述回顾了在轴型脊柱关节炎（xial spondyloarthritis，AxSpA）的精准医学领域中出现的新概念和最新进展，包括多基因风险评分、Mendelian随机化、药物基因组学、单细胞测序和空间转录组学。当前的分子工具为AxSpA患者的精准医学提供了令人兴奋的机会，但在其在临床上产生影响之前，仍需要进行广泛的研究和实施策略。
7、Krüppel-like factor 9的缺失会破坏生理基因表达和发育
Loss of Krüppel-like factor 9 deregulates both physiological gene expression and development
Scientific Reports; IF: ; DOI: /s41598-023-39453-3
内容概要：通过对斑马鱼胚胎在不同发育时间点的采样进行bulk RNA-seq，结合已发表的斑马鱼发育单细胞图谱，发现Klf9（Krüppel-like factor 9）基因突变会影响消化器官（肝脏、胰腺和肠道）的mRNA表达，并减少分化神经元和血液相关的mRNA表达。同时，klf9基因突变还会导致肝脏增大。
8、比较人类iPSC衍生和初代大鼠新生心肌细胞的信号和转录组图谱
Comparing the signaling and transcriptome profiling landscapes of human iPSC-derived and primary rat neonatal cardiomyocytes
Scientific Reports; IF: ; DOI: /s41598-023-39525-4
内容概要：通过使用基因编码的生物传感器研究心脏G蛋白偶联受体（G protein-coupled receptors，GPCR）介导的核蛋白激酶A和外周信号调节激酶1/2在两种心肌细胞中的活性，结合单细胞分析方法，发现大鼠和人类心肌细胞的核PKA和ERK信号具有不同的响应簇。此外，RNA-seq揭示了GPCR、G蛋白和下游效应物表达水平的关键差异。该研究结果表明，人类干细胞衍生的心肌细胞模型在理解心脏细胞信号传导方面具有独特的优势。
9、肝细胞癌肿瘤内异质性的综合分析及癌症进展中APLP2的识别
Comprehensive intratumoral heterogeneity landscaping of liver hepatocellular carcinoma and discerning of APLP2 in cancer progression
Environmental Toxicology; IF: ; DOI:
内容概要：采用scRNA-seq数据，通过聚类算法和差异表达基因分析，描绘了肝细胞癌（liver hepatocellular carcinoma，LIHC）的肿瘤异质性。通过细胞实验，发现APLP2可以调节LIHC的细胞周期和凋亡，在LIHC的癌变过程中发挥积极作用。
10、评估scRNA-seq数据的填补方法
Evaluating imputation methods for single-cell RNA-seq data
BMC Bioinformatics; IF: ; DOI: /s12859-023-05417-7
内容概要：通过评估11种最新的填补方法在12个真实的免疫学研究数据集和4个模拟数据集上的表现，并基于数值恢复、细胞聚类和标记基因分析进行比较，发现不同的填补方法对不同的scRNA-seq数据集表现出不同的效果，提示填补方法可能具有数据集特异性。该研究揭示了各种填补方法的优缺点，并为scRNA-seq数据分析提供了数据驱动的指导。
11、scRNA-seq鉴定与脑膜瘤临床特征及肿瘤微环境相关的巨噬细胞特征
Single-cell RNA sequencing identifies macrophage signatures correlated with clinical features and tumour microenvironment in meningiomas
IET Systems Biology; IF: ; DOI:
内容概要：使用scRNA-seq分析了脑膜瘤中巨噬细胞的特征，并鉴定了与脑膜瘤相关的巨噬细胞模块基因。通过机器学习模型，发现13个模块基因与脑膜瘤分级密切相关，并构建了一个高精度和稳健的预测模型。该研究为了解脑膜瘤中巨噬细胞浸润的分子特征提供了新见解，并揭示了巨噬细胞的分子特征与临床特征和免疫细胞浸润的相关性。
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